文昌祠始建于明万历十六年（公元1588年），供奉文昌帝君。《史记•天官书》："北斗之上有六星，合称文昌宫，掌人间文运"。文昌祠，也是学宫21座单体建筑中唯一一座有二层建筑，是为学宫最高点。相传，站在阁楼上可以眺望整个古县城风貌。殿前龙眼树，寓意荣登榜眼，历年学子都会祈求学业进步，顺利高中。
